Les missions des services de santé au travail sont définies dans le code du travail (article L. 4622-2 du code du travail) : « les services de santé au travail ont pour mission exclusive d’éviter toute altération de la santé des travailleurs du fait de leur travail ».
Elles sont assurées par une équipe pluridisciplinaire composée de médecins du travail, de collaborateurs médecins, d’internes en médecine du travail, d’intervenants spécialisés dans la prévention des risques professionnels, ainsi que d’infirmiers.

Pour mener à bien ces missions, les services de santé au travail mettent en œuvre les actions suivantes :
- Conduite d’actions de santé au travail, dans le but de préserver la santé physique et mentale des travailleurs tout au long de leur parcours professionnel;
- Conseils aux employeurs, aux travailleurs et à leurs représentants sur les dispositions et mesures nécessaires afin d’éviter ou de diminuer les risques professionnels, d’améliorer les conditions de travail, de prévenir la consommation d’alcool et de drogue sur le lieu de travail, de prévenir le harcèlement sexuel et moral, de prévenir ou de réduire la pénibilité au travail et la désinsertion professionnelle et de contribuer au maintien dans l’emploi des travailleurs;
- Surveillance de l’état de santé des travailleurs en fonction des risques concernant leur sécurité et leur santé au travail, de la pénibilité au travail et de leur âge, notamment en effectuant un suivi individuel dans le cadre des examens médicaux et en étudiant les postes de travail. Seul le médecin du travail est compétent pour apprécier l’aptitude ou l’inaptitude au poste de travail et rendre des avis préconisant des adaptations des postes de travail;
- Participation au suivi et à la traçabilité des expositions professionnelles ainsi qu’à la veille sanitaire.